Когда мы решали этот вопрос - производители оборудования предложили нам 4 варианта решения. Т.е. выемки кусочка внутри контура этикетки. Решение во многом зависит от построения машины.
К слову - используем свой, 5ый способ. Изготовили необходимую оснастку, часть заказали. Получилось универсальное решение. К сожалению, подробностей не будет

NDA, да и деньги позволяет зарабатывать неплохие